В результате экспансии обыкновенной овсянки на восток, белошапочная широко гибридизирует с ней на юге Западной Сибири. Гибриды преимущественно двух типов: а) с рисунком оперения, как у белошапочной овсянки, но с большей или меньшей выраженностью желтого фона; б) с рисунком, как у обыкновенной овсянки, но без желтого оттенка, иногда с каштановыми участками на голове. Гибриды обыкновенной и белошапочной овсянок могут встречаться на востоке Европейской России, появление каштановых «усов» у восточноевропейских обыкновенных овсянок тоже нередко считают результатом примеси генов белошапочной овсянки.